R软件计较生物多样性指数

R软件计较生物多样性指数

R软件中有浩瀚的措施包可以举办生物多样性指数的计较，这里先容一下用vegan包计较生物多样性指数的要领：

将R软件安装好后，输入以下呼吁，即可计较出常用的生物多样性指数。

#第一步

#是矩阵的整理，发起在Excel中整理成如下名目，再用R整理成物种矩阵,留意:列的名字要完全一致，包罗巨细写。

plotname species abundance

plot1 sp1 3

plot1 sp2 6

plot1 sp3 1

plot1 sp4 2

plot1 sp5 1

plot2 sp1 8

plot2 sp3 30

plot3 sp4 2

plot3 sp2 1

plot3 sp6 1

plot3 sp7 3

…..

#在Excel中，另存为csv名目，如存名称为 herbplots.csv。

#第二步 读取文件

herb.data<- read.csv(“D:/herb/herbplots.csv”, header=T)

#第三步 转换为 矩阵

#导入spaa措施包，假如没有安装的话，需要用install.packages(‘spaa’)安装

library(spaa)

herb.mat<- data2mat(herb.data)

#此时生成的矩阵，形式如下：

plots sp1 sp2 sp3 sp4 sp5 sp6 sp7

plot1 3 6 1 2 1 0 0

plot2 8 0 30 0 0 0 0

plot3 0 1 0 2 0 1 3

#导入vegan ，假如没有安装的话，需要先安装vegan措施包 install.packages(“vegan”)

library(vegan)

#计较Shannon-Wiener指数

Shannon.Wiener <- diversity(herb.mat, index = “shannon”)

#计较Simpson指数

Simpson <- diversity(herb.mat, index = “simpson”)

#计较Inverse Simpson指数

Inverse.Simpson <- diversity(herb.mat, index = “inv”)

#计较物种累计数

S <- specnumber(herb.mat)

plot(S)

#计较Pielou匀称度指数

J <- Shannon.Wiener/log(S)