Linux安装R语言包(Installing R packages on Linux)

R的包（package）凡是有两种：
1 binary package：这种包属于即得即用型（ready-to-use），可是依赖与平台，即Win和Linux平台下差异。
2 Source package: 此类包可以跨平台利用，但用之前需要处理惩罚可能编译（compiled）。

.libPaths()：查察包的安装目次
library()：查察已经安装的包目次
library(mypackage)：载入mypackage包 getOption(“defaultPackages”)：查察启动R时自动载入的包。
help(package = ‘mypackage’)：查察‘mypackage’的辅佐
       args(function)：查察函数的参数
       example(function)：自动运行该函数辅佐文档中的例子，很赞！
       demo(“package”)：展示一些包中demostration，需要再看下？？
vignette(‘mypackage’)：有的包，出格是bioconductor的包有vignette，用函数查察
openVignette(‘mypackage’)：这个函数也可以查察vignette，更好用一些
RSiteSearch(“helpinfor”)：搜索R网站上的“helpinfor”相关信息
help.start()：查察已经安装包的具体HTML文档，这个呼吁很是爽。
更新：
search()：查察当前载入的包 sessionInfo()：查察R中载入的包
methods()：查察某个S3泛型函数中所有的要领可能一个类中所有的要领（S3：S version 3） showMethods(class = “myClass”)：查察S4类的要领 findMethods(“myMethods”)：查察method的代码 class(myObject)：查察某个工具的类
getClass(“class/package”)：查察某个class可能包的详细内容 getSlots(“class”)：查察某个class的slot slotNames(MyObject)：查察某个工具的slot。可以利用Myobject@slotNames会见工具的slot值，这个@设计实在是太爽了，可以持续用。
查询包内信息：1. ?function/method：查察某个“函数”可能“要领”的具体内容
                         2. class?graph::graph：查察“组”的具体内容的一个例子。这个例子的来历是查询graph包时候，查察个中class的信息，输入??graph后呈现一个graph::graph-class。
ls(“package:mypackage”)：查察”mypackage”中的所有工具。

安装source package要领

1 在终端输入 # R CMD INSTALL /…/mypackage.tar.gz
利用此要领，需要办理包依赖问题，即安装此包所依赖的包，安装进程有提示

2 也可以利用R的install.packages()函数安装（没有实验安装）
   答复：可以利用install.packages()函数安装，并且较量轻便，即联网即可装，装了就可用。
   # R
   > install.packages(‘mypackage’) 答复2：可以利用install.packages()安装当地下载的包，尤其合用于在处事器上安装包 $ R > install.packages( c(“XML_0.99-5.tar.gz”, “../../Interfaces/Perl/RSPerl_0.8-0.tar.gz”), repos = NULL, configure.args = c(XML = ‘–with-xml-config=xml-config’, RSPerl = “–with-modules=’IO Fcntl'”))

3 Bioconductor的安装要领
> source(“http://bioconductor.org/biocLite.R”)
> biocLite(“mypackage”)
4 卸载package remove.packages(“mypackage”)
5 查察R及其package的version R version: version 可能 R.version R package version:
6 更新包 update.packages( ) 可以按期执行以下
参考网址
<http://cran.r-project.org/bin/macosx/RMacOSX-FAQ.html#Where-are-the-packages-I_0027ve-installed_003f>
<http://azaleasays.wordpress.com/2008/05/01/install-r-packages/>
<http://math.usask.ca/~longhai/software/installrpkg.html>%

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