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序列间间隔的计较 在此，我们把序列间间隔界说为每个位点产生核酸代替的期望值。同时，我们界说p间隔为序列间差异位点的比例。由于p间隔并不是进化时间的线性方程，所以p间隔一般只用于阐明高度相似的序列，即p<5%。 很容易想到，核酸代替进程中每个位点的下一状态只和当前状态有关，而和前一状态无关。这是典范的马尔可夫性质，所以持续型马尔可夫链被引入作为统计学模子利用。每个位点的代替被看作是马尔可夫链，A、T、C、G四个核酸被看作是个中的四个元素。 下一个需要办理的问题就是位点代替率矩阵的界说，这也是 … 继续阅读“用R举办基因进化速率的就算和相关阐明”

本文的目标，是直观表达极大似然预计。给出一组数，若用正态漫衍拟合，则其平均值和尺度差最大概的取值是什么？极大似然面的极点，就是最优预计。实际环境下，是对对数似然函数Log Likelihood取极值。这里只凭据似然（Likelihood）的原始界说，直接求Likelihood 。likelihood即为各类概率密度的乘积留意R code 中的 prod(dnorm(dat, mean_val[i], sd_val[j])) 以下是绘制拟合正态漫衍的似然面。 Draw Likelihood Sur … 继续阅读“用R语言绘制似然面Likelihood Surface”

还在纠结用如何用R读取Excel的同学有福了。昨天逛CRAN的时候发明白一个xlsx包，它给出的先容是可以读取、写入Excel 2007/2003文件并支持名目标配置。简朴地来说，将Excel读取为数据框，以及将数据框写入为Excel文件都不是问题，而越发强大的是它能处理惩罚Excel中的名目，好比归并单位格，配置列的宽度，配置字体和颜色等等。 假如只需要根基的读取/写入操纵，那么个中的read.xlsx()和write.xlsx()应该就能满意大部门的需求了，其用法也很简朴，看看辅佐文档就相识 … 继续阅读“用R读取Excel的新要领”

2012年4月11日①，在苏门答腊北部四周海疆产生了里氏8.6级地动，而就在一天之后，4月12日，在太平洋彼岸的墨西哥，又产生了里氏7.0级的地动。遐想2012世界末日的预言，不少人纷纷担忧起来，我们的地球是否已经走到了歼灭的边沿？同时，一些有关方面的专家也暗示，地球或者已经进入了地动频发期②。那么，我们是否可以借助一些根基的线性回归阐明要领，操作R软件，对近期地动产生的隔断做出阐明？又或实验对下一次大地动的时间做出简朴预测？本尝试的主要目标即是借助所进修过的根基常识，对上述两个问题做出解答。由 … 继续阅读“关于大地动产生隔断的回归阐明及地动的简朴预测”

群落凭据物种相似形构成举办聚类阐明，可以用树状图较好的表示物种的构成干系。受到许多植被学家的重视。这里以R软件实现聚类阐明为例。 假如凭据物种构成的相似性做聚类阐明，那么可以用Jaccard指数（颠末转换的）。Jaccard指数只思量物种在两个样方间是否反复呈现，盖度在阐明的进程中并不起什么浸染。可是假如对乔木和灌木举办阐明，就可以思量个另外数量，计较样方物种构成的相似性的时候用Bray-Curtis指数。Jaccard指数和Bray-Curtis指数在浩瀚生态学相关的措施包中都是可以计较的。下 … 继续阅读“R软件中如何举办群落聚类阐明？”

一直以来，我们在提到利用R举办数据阐明、数据挖掘城市利用RODBC、RJDBC、DBI等相关的包来挪用数据库，好比我前面罗嗦的一片文章数据挖掘之R与SQL，但实际根基上各大数据库厂商已有相应的R语言企业级应用产物，这些厂商包罗Oracle、IBM、Teradata、Sybase、SAP。 Oracle R Enterprise Oracle R Enterprise是针对付大数据市场下，用于处理惩罚日益富厚的数据。这款产物有以下优势： 企业级的R应用 答允DBA将R语言模子产物化 可以将R模子整 … 继续阅读“贸易数据库对R语言的支持”

Google和facebook如何应用R举办数据挖掘 在R用户组织的主题为“R与预测阐明科学”的panel集会会议上，有来自家产界的四位代表颁发了发言，先容各自在家产界是如何应用R举办数据挖掘。他们别离是： Bo Cowgill, Google Itamar Rosenn, Facebook David Smith, Revolution Computing Jim Porzak, The Generations Network 他们别离先容了在各个公司是如何利用R举办预测阐明，R作为阐明东西的 … 继续阅读“Google和facebook如何应用R举办数据挖掘”

R软件计较生物多样性指数 R软件中有浩瀚的措施包可以举办生物多样性指数的计较，这里先容一下用vegan包计较生物多样性指数的要领： 将R软件安装好后，输入以下呼吁，即可计较出常用的生物多样性指数。 #第一步 #是矩阵的整理，发起在Excel中整理成如下名目，再用R整理成物种矩阵,留意:列的名字要完全一致，包罗巨细写。 plotname species abundance plot1 sp1 3 plot1 sp2 6 plot1 sp3 1 plot1 sp4 2 plot1 sp5 1 plo … 继续阅读“R软件计较生物多样性指数”

OneR算法简介 OneR又称1-R，是1993呈现的一种极为简朴的分类算法模子，它可以发生一个单层的决定树。 OneR算法是一个简朴、便宜的要领，可是经常可以或许得到一个很是好的功效，用于描写数据中的布局。 OneR算法的利用很是遍及，可以简朴的获得一个对数据的归纳综合性相识，有时候甚至可以直接得到功效。 OneR算法实现 OneR的思路很简朴，成立一个只针对付单个属性举办测试的法则，并举办差异的分支。每个分支对应的差异属性值。 分支的类就是原始数据（练习数据）在这个分支上呈现最多的类。 每一 … 继续阅读“OneR算法和weka中OneR利用”

本文翻译自R in Action的附录B，假如对该书感乐趣，请自行购置或去图书馆阅读。R导论的10.8也是讲定制情况的。 措施员最喜欢做的事之一是定制启动情况，好让措施凭据他们喜欢方法事情。定制启动情况可以让你配置R的选项、指定事情目次、加载常用的包、加载用户本身写的函数、配置CRAN下载网址以及其它操纵。 你可以通过编辑位置位置初始化文件（Rprofile.site）可能目次初始化文件（.Rprofile）来定制R情况。这两个是纯文本文件，包括启动时要执行的R代码。 在启动的时候，R会从R_H … 继续阅读“定制R启动情况”