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其实用R语言做生物学网络阐明是个不错的选择，基于R体系下的Bioconductor项目为用户提供了网络阐明的整体办理方案。然而R的网络阐明优势却被很多人所忽视，认为“R就是用来做统计的，Bioconductor就是用来做芯片处理惩罚的”，其实当你把R看成像C或Java那样的编程语言，而把Bioconductor当成开源的网络办理项目时，你将对R强大的网络阐明成果另眼相看。 Bioconductor （ｈｔｔｐ://ｗｗｗ.ｂｉｏｃｏｎｄｕｃｔｏｒ.ｏｒｇ/）是一个基于R语言的、面向基因组信息阐明 … 继续阅读“用R语言实现生物学网络阐明”

BLAS的全称是Basic Linear Algebra Subprograms，它是用FORTRAN语言编写的一套跟线性代数运算有关的函数，包罗向量与向量的运算、向量与矩阵的运算以及矩阵与矩阵的运算三个条理。R的许多底层运算都是基于BLAS来完成的，好比常见的%*%，用来完成矩阵的乘法。而要让R支持原生的并行计较，一个很重要的方面就是让BLAS自己可以通过并行计较来完成。幸运的是，BLAS中许多运算都是较量规整的轮回语句，而这些语句恰恰可以通过OpenMP来实现并行。由于BLAS中的函数很是多 … 继续阅读“R的原生并行2——修改BLAS”

简介：R是什么 工欲善其事，必先利其器，作为一个战斗在IT界第一线的工程师，C/C++、Java、perl、python、ruby、php、javascript、erlang等等等等，你手中总有一把利用自如的刀，辅佐你披荆棘。应用场景抉择常识的储蓄与东西的选择，反过来，无论你选择了什么样的东西，你必然会尽力地把它改革成切合本身应用场景所需的谁人样子。从这个原理来说，我选择了R[1]作为数据挖掘人员手中攻城陷池的那把云梯，并尽力地把它改革本钱身但愿的谁人样子。关于R的一个较量精确的描写是：R是一门 … 继续阅读“R，不只仅是一种语言”

近两年来微博这对象越来越火了，已经逐渐成了最主流的网络舆论平台。对付最近的网络热点问题各人必然是深有体会，作为统计门人，必定许多人技痒不已，但愿能进一步地探究许多工作背后的奥秘……   亏得几个主流的微博平台都提供了API，各类语言的SDK应运而生，而真正的阐明利器R的SDK一直没有，这里不卖关子了，直接宣布一个R的SDK，拜见：Rweibo中文主页。   本项目在R-Forge上开拓（https://r-forge.r-project.org/projects/rweibo … 继续阅读“用R来给微博添把火”

标题虽然是唬人的，不外代码真的是50行正好（不算注释和空行啊），可以玩简朴的数字识别。玩法很简朴，先把附加的RData文件加载到R空间中（就是load(“train.RData”)这句），然后挪用函数guess()，会打开一个空缺的图形窗口。按住鼠标左键画一个0到9范畴内的数字，然后右击鼠标确认，R会把揣摩的功效输出出     下载： HandwritingRecognition.zip

  R语言实际上是函数的荟萃，用户可以利用base，stats等包中的根基函数，也可以本身编写函数完成必然的成果。可是初学者往往认为编写R函数十分坚苦，可能难以领略。这里对如何编写R函数举办扼要的先容。 函数是对一些措施语句的封装。换句话说，编写函数，可以淘汰人们对反复代码书写，从而让R剧本措施更为简捷，高效。同时也增加了可读性。一个函数往往完成一项特定的成果。譬喻，求尺度差sd,求平均值，求生物多样性指数等。R数据阐明，就是依靠挪用各类函数来完成的。可是编写函数也不是垂手可得就能完成 … 继续阅读“如何编写R函数”

rgarch包是R顶用来拟合和检讨garch模子的一个包。该包最早在http://rgarch.r-forge.r-project.org上宣布，现已宣布到CRAN上。简朴而言，该包主要包罗四个成果: 拟合garch族模子 garch族模子诊断 garch族模子预测 模仿garch序列 拟合序列漫衍 下面别离说一下。 拟合garch族模子 拟合garch族模子分三个步调：（1）通过ugarchspec函数设定模子形式（2）通过ugarchfit函数拟合模子 设定模子形式 一个典范的garch（p … 继续阅读“rugarch包与R语言中的garch族模子”

序列间间隔的计较 在此，我们把序列间间隔界说为每个位点产生核酸代替的期望值。同时，我们界说p间隔为序列间差异位点的比例。由于p间隔并不是进化时间的线性方程，所以p间隔一般只用于阐明高度相似的序列，即p<5%。 很容易想到，核酸代替进程中每个位点的下一状态只和当前状态有关，而和前一状态无关。这是典范的马尔可夫性质，所以持续型马尔可夫链被引入作为统计学模子利用。每个位点的代替被看作是马尔可夫链，A、T、C、G四个核酸被看作是个中的四个元素。 下一个需要办理的问题就是位点代替率矩阵的界说，这也是 … 继续阅读“用R举办基因进化速率的就算和相关阐明”

本文的目标，是直观表达极大似然预计。给出一组数，若用正态漫衍拟合，则其平均值和尺度差最大概的取值是什么？极大似然面的极点，就是最优预计。实际环境下，是对对数似然函数Log Likelihood取极值。这里只凭据似然（Likelihood）的原始界说，直接求Likelihood 。likelihood即为各类概率密度的乘积留意R code 中的 prod(dnorm(dat, mean_val[i], sd_val[j])) 以下是绘制拟合正态漫衍的似然面。 Draw Likelihood Sur … 继续阅读“用R语言绘制似然面Likelihood Surface”

还在纠结用如何用R读取Excel的同学有福了。昨天逛CRAN的时候发明白一个xlsx包，它给出的先容是可以读取、写入Excel 2007/2003文件并支持名目标配置。简朴地来说，将Excel读取为数据框，以及将数据框写入为Excel文件都不是问题，而越发强大的是它能处理惩罚Excel中的名目，好比归并单位格，配置列的宽度，配置字体和颜色等等。 假如只需要根基的读取/写入操纵，那么个中的read.xlsx()和write.xlsx()应该就能满意大部门的需求了，其用法也很简朴，看看辅佐文档就相识 … 继续阅读“用R读取Excel的新要领”